回答XMLファイルはシステムが読み込むための特殊な形式です。人の目で見ると文字化けして見える、または何も表示されないことがありますが、データ自体は正しく保持されています。お勤め先が電子提出に対応している場合や、e-taxを利用する場合に、XMLファイルのままご提出可能です。
◆補足
・印刷して使用する場合は、ダウンロードしたXMLファイルを元に国税庁の「QRコード付証明書等作成システム」で「QRコード付控除証明書(PDFファイル)」を作成する必要があります。・XMLファイルを開いて内容を修正された場合、年末調整や確定申告で使用できなくなりますのでご注意ください。
・マイナポータル連携については、こちらのご質問をご確認ください。